En los años 60 se modificó y amplió el presbiterio, colocándole a su piso tabletas de mármol en formatos diversos, incluso usando lápidas cortadas, y se extendió el primer peldaño en una ancha explanada en dirección al público. Los peldaños de su escalinata se hicieron en cemento imitación piedra y se pintaron con pintura de aceite. Se eliminaron las rejas de hierro forjado que estaban colocadas perimetralmente a las escalinatas. Se eliminó el cielo raso de latón, se desmontó su púlpito, se demolió el entresuelo del coro, se retiraron todos los cuadros con pinturas religiosas, sus imágenes (incluyendo sus bases) y se desmontó un altar de mármol que se encontraba adosado a la pared de la sacristía, gemelo en diseño al hoy existente al otro lado.

 

En la década de los 70 se construyeron bases en las columnas interiores en piedra, y se hicieron trabajos de cantería en la fachada principal. En los 80 se reparó el sistema eléctrico y se colocaron las lámparas de bronce que actualmente posee. Para la visita de papa Juan Pablo II se le colocaron tejas de barro nacionales sobre la cubierta de zinc, que son de molde rectangular y no cónico, que eran las usuales en la colonia. En 1999, se repararon y restituyeron los vidrios en los vitrales. Luego se colocaron nuevas baldosas de arcilla en el atrio, y se colocó concha nácar en los pináculos; también se colocaron nuevas campanas. En 2003, se cambió el techo de zinc acanalado por el actual de tejas. Se añadieron 5 puertas en el 2004.

 

En el 2014 el papa Francisco la elevó a dignidad de Basílica Menor. En el 2015 iniciará su restauración por 11 millones de balboas, para devolverle la dignidad y la funcionalidad litúrgica que requiere como cátedra del arzobispo y templo principal de la nación.