Los Mercedarios fueron los últimos religiosos en abandonar el sitio de la vieja Panamá en 1675, cuatro años después del ataque pirata a la ciudad por Henry Morgan. Su convento se salvó al estar en las afueras de la ciudad y servir como base de Morgan.

 

En 1673 ya se había designado el área para la iglesia y convento en la nueva ciudad de Panamá, ubicada frente a la Puerta de Tierra por donde se accedía a la ciudad amurallada. Era lo primero que veían las personas al entrar a la ciudad de Panamá. Su construcción se inició usando material de su templo en Panamá Viejo, que pronto hubo que cancelar porque se cedió gran parte para la construcción de las murallas de la nueva ciudad. Luego se quedaron sin fondos, por tanto, los mercedarios iniciaron el culto en el sitio con una iglesia pequeña de madera con capacidad para 150 personas y dormitorios para religiosos.

 

La construcción en mampostería se realizó posteriormente, entre 1720 y 1732. La costosa fachada principal de piedra tallada se trajo piedra por piedra desde Panamá la Vieja con el esfuerzo de vecinos y esclavos. Se reconstruyó exactamente a la original, tallada inicialmente en 1620. Es por ello que esta iglesia se conoce como “la de las dos ciudades”.