Los Mercedarios fueron los últimos religiosos en abandonar el sitio de la vieja Panamá en 1675, cuatro años después del ataque pirata a la ciudad por Henry Morgan. En 1673 ya se había designado el área para la iglesia y convento en la nueva ciudad de Panamá, ubicada frente a la Puerta de Tierra por donde se accedía a la ciudad amurallada. 

 

Su construcción en mampostería se realizó entre 1720 y 1732. La costosa fachada principal de piedra tallada se trajo piedra por piedra desde Panamá la Vieja con el esfuerzo de vecinos y esclavos. Es por ello que esta iglesia se conoce como “la de las dos ciudades”.  

 

El templo de Nuestra Señora de la Merced fue declarado monumento histórico nacional mediante el Decreto 672 del 26 de noviembre de 1956.