El templo y el convento de San Francisco recibieron un lote amplio de posición privilegiada en la nueva ciudad de  Panamá. Ambas estructuras se incendiaron en 1737 y 1756, pero se reconstruyeron.    Pero hacia 1821, previo a la independencia de Panamá, el gobierno colombiano expidió una ley suprimiendo todos los conventos que no contasen como mínimo con 8 religiosos en misa. Los franciscanos, viendo la inminente unión del istmo a la Gran Colombia, optaron por irse voluntariamente.   En 1857 el claustro estaba arruinado, y en 1860 fue vendido a un particular.

 En tanto, la iglesia fue ocupada por la orden jesuita entre 1880 a 1896. Posteriormente, fue encomendada a los escolapios, para luego retornar a los jesuitas por 85 años más.  Conservó su estructura colonial hasta 1918, cuando se remodeló completamente.  Su restauración actual se completará en 2016.